南京灵活就业社保的缴纳方式有以下几种：
1.个人前往社保局办理：灵活就业者可以携带相关证件前往当地社保局办理社保缴纳手续。需要注意的是，不同地区的社保局要求提供的材料可能会有所不同，具体要求请咨询当地社保局。
2.银行代缴：灵活就业者可以选择在银行开设一个专门的社保账户，然后通过银行代缴的方式进行社保缴纳。目前，很多银行都提供社保代缴服务，具体的操作方式和费用可以咨询当地银行。
3.第三方平台代缴：目前，很多第三方平台也提供社保代缴服务。这种方式的优点在于方便快捷，而且可以通过手机或电脑完成操作。但是需要注意的是，选择第三方平台代缴时一定要选择正规的平台，以免出现安全问题。
南京灵活就业人员社保缴费基数越高，养老金就越高吗？
社保缴费基数与退休后的养老金是成正比关系，也就是说社保缴费基数越高，退休后能领取的养老金也就越多。
各个地区社保缴费基数是根据当地社会平均工资的60%-300%来定的，并且各个地区会在每年固定的时间核定社保基数，同时公布最新的最低以及最高基数。一般来说，如果是企业帮员工缴纳的社保，都是按照最低基数来进行缴纳的，但也有一些公司是按照职工本人上年度的工资来作为加护缴纳的。
（备注：数据仅供参考，具体以当地有关法规为准）