医保支付扣的是医保账户里面的钱，自费的部分是医保卡个人账户的钱，报销的部分是医保统筹账户的钱，医保账户分为统筹账户与个人账户，统筹账户就是一个集体账户，大家的是一起的，个人账户就是私人的，大家的都是不一样的。
每个月缴纳医保之后，公司缴纳的部分进入统筹账户，个人缴纳的钱进入个人账户，统筹账户里面的钱不能取出，符合报销条件的可以申请直接报销，个人账户里面的钱符合取出条件的话可以取出，可以用来支付医疗自费的部分，也可以给家里人买药或者是看病，但是不能给家里人报销。
医保里面的的统筹账户主要用于支付参保职工发生的医药费、手术费、护理费、基本检查费等。医疗保险统筹基金实行专项储存、专款专用，任何单位和任何个人都不得挪用。
若是使用支付宝医保电子凭证，在进行相关的缴费时，扣除的是用户支付宝余额资金或者是支付宝所绑定的银行卡里的资金。而医保里的钱只能够通过使用医保卡才能进行扣除，支付宝电子医保凭证是没有权限对医保卡里的金钱进行扣除的。
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