1、缴费标准不同，深圳社保一档的缴费比例是单位交5.2%，个人缴交2%进入个人账户，最低缴费基数为上年度月社会平均工资的60%，而深圳社保二档的缴费比例是单位交0.6%，个人交0.2%，个人账户不返费。
2、医保不同，深圳社保一档的医保有个人账户，在所有定点医疗或社康都可以直接刷社保卡结算，而且可以在12个月内申请报销异地门诊费用，而深圳社保二档的医保没有个人账户，只能在绑定的医院或社康刷社保卡进行结算，并且不能报销异地门诊费用。
3、参保条件不同，深圳社保的医保一档只能是具有深圳户口的人参保，而深圳社保的医保二档是非深圳户口的人才能参保。
深圳社保一档和二档的选择是根据参保人的户籍来进行的。
如果参保人具有深圳市户籍，在有单位交费的情况下只能选择深圳社保一档，如果是没有各种单位的个人缴费，可以选择深圳社保一档或者二档。
如果参保人是非深户，可以选择深圳社保的任何一种医保档次，不过，尽量不要选择三档。
如果参保人是小孩或者大学生，参加深圳社保统一参加医保的二档。
另外，参保人只要选择了深圳社保一档或者二档，就要交生育保险，选择深圳社保三档就不交生育保险。
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