新农合的报销是出院即报销的，具体报销流程如下：
1.办理出院时，由医生开具出院证，由办公护士开具出院结算条;
2.患者持住院证出院结算条到住院结算处，办理出院手续;
3.住院结算处开具住院发票、费用清单、合作医疗费用结算单等;
4.患者持住院发票、费用清单、合作医疗费用结算、出院证，到合管科进行报销;
5.住院处退还社保卡、身份证、户口本等相关证件。
当然，各地区的具体报销流程可能有细微的差别，具体可以咨询医院费用结算窗口的工作人员。
新农合报销是有封顶限的，具体需要根据各地的比例限制。
通常所说的统筹基金支付的门槛，基本医疗保险的起付标准为职工平均工资的10%左右。最高支付限额为职工平均工资的6倍。目前北京市基本医疗保险统筹基金的起付线确定为1300元，封顶线为7万元，个人在一个年度内第二次及以后住院发生的医疗费用，起付线降为650元